de wapensontwerper Doc Heller in Kinka Usher's film Mystery Men.
Mule Variations is het studio-album waarop zijn fans zeven jaar hebben moeten wachten. Het is tevens zijn eerste voor een nieuwe maatschappij, het voorheen als punklabel bekend staande Epitaph. De plaat wordt door de pers als meesterwerk binnen gehaald en blijkt ook in commercieel opzicht een voltreffer te zijn. Waits gaat ook weer op tournee, waarbij zijn twee pittig geprijsde concerten in Den Haag in enkele uren geheel uitverkopen. Fans en critici begroeten de comeback met onverholen enthousiasme en de net vijftig jaar geworden zanger krijgt in '00 voor het album een Grammy in de categorie Best Contemporary Folk Album. Nog meer filmsoundtrack-bijdragen: Liberty Heights en Gunshy. Een hernieuwde samenwerking met Robert Wilson resulteert in Woyzeck, een muziektheaterproject, gebaseerd op het gelijknamige toneelstuk van Georg Büchner, dat in november '00 in Kopenhagen in première gaat. Dat jaar produceert hij ook het album Wicked Grin van de blanke bluesman John Hammond, waarop twee nummers van zijn hand zijn te vinden. Ook is hij te horen op platen van Dan Hicks, Primus en Sparklehorse. The Dime-Store Novels Vol. 1, Live At Ebbets Field bevat een radiosessie uit '74 die eerder als bootleg in omloop is.
Alice en Blood Money verschijnen gelijktijdig. Beide bevatten songs voor theaterproducties van Robert Wilson, respectievelijk Alice In Wonderland en Woyzeck. Waits blijkt met zijn unieke persoonlijkheid en originele mix van stijlen diverse generaties aan te spreken. Op het gevarieerde Real Gone, met liedjes over politiek, oorlog, executies en auto's, is Waits weer uitstekend op dreef. Met onder meer oude jazz en wat Waits zelf cubist funk noemt. En dat allemaal, voor het eerst, zonder piano. De composities (geschreven met echtgenote Brennan)zijn onder meer in de badkamer van Waits ontstaan. Les Claypool (bas), zoon Casey Waits (draaitafel, drums), Marc Ribot (gitaar, cigarbox-bass), Larry Taylor (bas), Brian 'Brain' Mantia (percussie) en Harry Cody (banjo, gitaar) behoren tot de ingeschakelde musici. Ribot, Taylor en 'Brain' vormen de begeleidingband van Waits als hij op 19, 20 en 21 november concerten geeft in Carré, Amsterdam. De peperdure kaartjes voor de optredens (eerste rang: 98 euro) zijn binnen een kwartier uitverkocht. De welgestelde happy few krijgt een selectie Waits-nummers uit het laatste anderhalve decennium voorgeschoteld in een meer dan twee uur durende show. De als rauw getypeerde optredens zelf krijgen lovende reacties. Waits is te horen op Blinking Lights And Other Revelations van Eels ('05). Ook zijn composities van zijn hand te vinden op een aantal soundtracks (o.a. Shrek 2 en Robots).
