Tijdens een van deze tournees, op 4 maart 1986, pleegde Richard Manuel zelfmoord in een hotelkamer in Florida. Als zanger was Manuel nauwelijks te vervangen (ondanks de hulp van Blondie Chaplin in de rest van dat jaar), maar als pianist werd hij opgevolgd door Stan Szelest, oud-lid van The Hawks die op zijn beurt op 20 januari 1991 overleed door een hartaanval. Hij werd tijdens een tournee vervangen door Billy Preston, die op dat moment echter zulke grote problemen met justitie had, dat hij niet kon ingaan op de uitnodiging om vast lid van The Band te worden.
Rond 1990 werd voor het platenlabel Sony een nieuw album Tombstone opgenomen, met als producer de songwriter Jules Shear, die naast Danko en Helm ook een deel van de zang voor zijn rekening nam. Het album werd nooit uitgebracht, omdat Sony bij nader inzien geen commercieel succes verwachtte van The Band zonder Robertson en Manuel.
Pas in 1993 bracht The Band, voor het eerst sinds The Last Waltz en Islands, weer een album uit: Jericho. De groep bestond nu uit Helm, Danko en Hudson met de nieuwe leden Randy Ciarlante (drums, zang), Jim Weider (gitaar) en Richard Bell (piano). De laatstgenoemde (overleden op 15 juni 2007) had deel uitgemaakt van de begeleidingsband van Janis Joplin. Net als op de volgende albums High On The Hog (1996) en Jubilation (1998), was de muzikale uitvoering vlekkeloos, maar de ware 'geest' ontbrak. Zonder Robbie Robertson bleken de Bandleden niet in staat nieuw materiaal te componeren dat de vergelijking met hun eerste albums kon doorstaan. Robertson gaf te kennen dat hij de nieuwe Band alle goeds toewenste, maar dat hij zich in een andere richting had ontwikkeld en niet meer mee wilde doen. Levon Helm, die nog lang met verbittering over hem sprak, zou dat ook niet geaccepteerd hebben.
Op 10 december 1999 verloor The Band nog een lid toen Rick Danko op 56-jarige leeftijd stierf na een leven vol drugs-problemen. Daarmee was de groep definitief ten einde.
The Band (in de oorspronkelijke samenstelling) werd in 1989 ingevoerd in de Canadian Music Hall of Fame en in 1993 in de Rock and Roll Hall of Fame.
