Na het uiteenvallen van Buffalo Springfield in 1968 vormde Stills samen met ex-Byrd David Crosby en ex-Hollie Graham Nash in 1969 de supergroep Crosby, Stills & Nash (CSN). Later kwam daar ook Neil Young bij, en werd het Crosby, Stills, Nash & Young (CSNY).
In 1971 richtte Stills de groep Manassas op met onder anderen Chris Hillman en Al Perkins. Manassas bracht twee albums uit, Manassas en Down The Road. Tegenwoordig worden deze vaak als solo-albums van Stephen Stills beschouwd.
CSNY viel uiteen in 1970, waarna de leden elk een solocarrière opbouwden. Stills heeft een 12-tal solo-albums uitgebracht. Af en toe waren er nog reünies met Crosby, Nash en ook Young.
Stephen Stills was van 1973 tot 1981 gehuwd met de Franse zangeres Véronique Sanson. Eind 2007 werd bij Stills prostaatkanker geconstateerd. Op 3 januari 2008 (zijn verjaardag) werd hij hieraan geopereerd.